首先，根據施用方法選擇。如果用於衝施、滴灌或葉面噴施，建議選用腐植酸鉀、腐植酸銨等肥料，或者是以腐植酸中分子量最小、活性最高、可直接被植物吸收的黃腐酸為原料生產的黃腐酸鉀或黃腐酸銨。如果用於底肥施用，建議選擇腐植酸銨或硝基腐植酸銨等肥料，施用時要注意埋到土裏，因為腐植酸銨是腐植酸和碳酸氫銨結合的產物，容易揮發，不建議衝施或葉噴。
其次，根據農作物類別及成本選擇。針對大田作物，建議選擇腐植酸複合（混）肥，不僅施用方便，性價比也高；針對蔬菜和果樹，可以選擇腐植酸有機肥、腐植酸有機-無機復混肥或者腐植酸中微量元素肥，這些肥料中的有機質可以達20%～45%，能有效改善作物的口感和色澤。雖然腐植酸在作物全生育期都能使用，但出於經濟考慮，可以在作物移栽後、花前、膨大期、轉色期等關鍵時期各衝施1～2次，膨大期和轉色期結合噴施效果會更好。
