藕田基地的施肥量應根據土壤肥瘦而定，一般選擇土質疏鬆，肥沃，有機質豐富，灌排方便的田塊，結合整地每畝施入畜糞肥2500～3000公斤，二銨25公斤；硫酸鉀10～15公斤，生石灰50～100公斤，過磷酸鈣50公斤，餅肥150公斤，耙平即可。
蓮藕整個生育期追肥3次。第1次在1～2片立葉（大約定植25天）時施用，結合中耕除草，每畝追尿素3～5公斤或施入人糞尿750～1000公斤；第二次在有5～6片立葉（約定植後40天，即將封行時）施用，每畝施複合肥20～25公斤，尿素5公斤，或人糞尿肥800公斤左右；第三次追肥在終止葉出現時進行，這時結藕開始，即為追藕肥，每畝施入糞尿肥1000～1500公斤，餅肥30～50公斤，第三次追肥主要以補充鉀肥為主，每畝施硫酸鉀肥10公斤左右，或噴施0.2%磷酸二氫鉀葉面肥，每隔7天噴施1次。
施肥應選擇晴朗無風的天氣，避免在烈日的中午進行，放淺水位，有利於肥料滲入土中，然後再灌水到原來的深度，在深水藕田中，肥料易流失，所以不能直接施用液化肥料，應施用固體肥料，即重施青草綠肥，並埋入泥塘中，追肥用化肥時，首先將化肥與河泥充分混合，做成泥團，再施入藕田。
