有机肥和生物菌肥是有显著区别的。
生物菌肥具有活性，有机肥料是不具备的。
生物菌肥含有活性菌，而有机肥不含。
有机肥是营养最全面，肥效最长的肥。生物菌肥是菌不是肥，是一种活的菌，能繁殖大量有益微生物。
有机肥和生物菌肥主要区别在于有机肥添加菌的菌的含量（1）有机肥。俗称农家肥，主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质。2生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活动导致作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种，微生物菌肥，含有多达十余种高效活性有益微生物菌，适用于各种作物使用，可活化养分，提高养分利用率，具有广普性。
生物菌肥含有活性菌，而有机肥没有。
1）生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
生物菌肥是在有机肥料基础上加工再加入各种微生物菌及中微量元素。有机肥料是没有经过高温处理的。
有机肥和生物菌肥主要区别在于有机肥添加菌的菌的含量，目前常见的有机肥添加菌有沃宝功能性菌剂和沃宝防土传病害菌。沃宝功能性菌：采用多种具有固氮、解磷、解钾功能的微生物菌种，经科学配方及新生产工艺复合而成。沃宝防土传菌：可抑制土壤中有害微生物的放线菌，以及可寄生在土壤中根结线虫、胞囊线虫的真菌等有益微生物。
有机肥能补充土壤养肥，特别是有机质，培肥土壤，但不含活性菌，生物菌肥含有活性菌，能活化土壤，提高土壤肥力，刺激作物根系生长。
