磷肥與複合肥都有各自的優點，使用後起到的效果也不同，所以不能直接下定論表示哪個更好。
磷肥：優點為富含磷元素，使用後可增強作物莖稈的堅韌度與抗逆能力，還能促進花芽形成，加快成熟速度，提高產量和品質，缺點為在土壤中容易失效，利用率相對較低。
複合肥：優點為養分含量高，副成分少，物理性狀好，便於貯存和施用，缺點為養分比例固定，而且養分的釋放速度與作物需求不同步。
一、磷肥的優缺點
1、優點
（1）富含磷元素，使用後可提高作物莖稈的堅韌度，增強作物的抗寒及抗旱能力。
（2）促進花芽形成，加快成熟速度，提高產量，改善品質。
（3）對瓜類、棉花、果樹使用，可促進開花結果，提高結果率。
（4）對甘蔗、甜菜、西瓜使用，可提高含糖量。
（5）對油菜使用，可增加油菜籽的含油量。
（6）對穀物使用，可加快分櫱速度，提高籽粒的飽滿度。
（7）對樹木使用，可增加新根的生長數量，使樹體的發育情況更良好。
2、缺點
（1）在土壤中容易失效，利用率低。過度使用時，會降低土壤中的微量元素的含量。
（2）過度使用時，容易導致作物出現葉片失綠變黃等情況。
（3）過量使用磷肥時，作物的呼吸作用會大大增強，消耗體內貯存的糖分和能量，而且還會讓繁殖器官提前發育，導致作物過早成熟、籽粒小、產量低。
二、複合肥的優缺點
1、優點
（1）養分含量高，低濃度複合肥，總養分含量（純氮＋五氧化二磷＋氧化鉀）達到25%以上；中濃度複合肥，總養分含量（純氮＋五氧化二磷＋氧化鉀）達到30%以上；高濃度複合肥，總養分含量（純氮＋五氧化二磷＋氧化鉀）達到40%以上。
（2）物理性狀較好，顆粒較堅實、無塵，粒度大小均勻，吸溼性小，便於貯存和施用。複合肥料既適於機械化施肥，也便於人工撒施。
（3）副成分少，對土壤無不良影響，其所含養分大部分皆是作物所需，並且能夠被作物吸收利用。
2、缺點
（1）養分比例固定，難以完全滿足作物的需求，因為許多作物在各個生育階段對所需養分有所差異。
（2）各種養分釋放速度與作物需求不同步，各種主要養分在土壤中的移動規律也各不相同，比如氮肥的移動性大於磷、鉀肥料，而後效卻遠不如磷、鉀肥料。因此，複合肥料在養分所處位置和釋放速度等方面很難完全符合作物某一時期對養分的特殊要求。
