水田機械化旋耕機作業深度一般根據具體情況來決定。一般來說，作業深度應根據土壤情況、作物需求和農戶的經濟實力來確定。根據土壤的型別和層次結構，不同的作物對土壤深度的要求也有所不同。對於大部分水稻來說，作業深度應控制在15-20釐米之間，以保證種植水稻的根系能夠充分紮根。
水田機械化旋耕機作業深度的選擇還要考慮到水稻的生長週期和生長需求。隨著水稻的生長，根系也會逐漸擴大，因此在種植初期，作業深度可以較淺，以便便於種子發芽和根系生長。而在水稻生長後期，作業深度可以適當加深，以便根系更好地吸收養分和水分。
水田機械化旋耕機作業深度的選擇也受到農戶經濟實力的限制。大部分農戶在購買和使用機械化旋耕機時，會考慮到機器的效能和價格。一般來說，作業深度越深，機械化旋耕機的效能要求也會相應提高，價格也會相應增加。因此，農戶在選擇機械化旋耕機時需要權衡利弊，選擇適合自己經濟實力的機械裝置。
