目前大多數李子園有機質不到1%，部分李子園甚至在0.5%以下，遠遠達不到優質豐產園的要求，因此必須增加基肥用量。如果同時考慮到樹體生長與改良土壤的雙重需要，有機肥的施用量應掌握在斤果1～3斤肥的標準。所以一個畝產1500公斤左右的中產李子園，有機肥的用量不可少於3000公斤。
施基肥最適宜時期是秋季（落葉前1個月），其次是落葉至封凍前，以及春季解凍至發芽前。秋施基肥肥料有充足的時間腐熟，並能使斷根癒合，發出新根，因此時正是根的生長高峰期，根的吸收力較強，吸收後可以提高樹體的貯藏營養水平，並可促進花芽的發育充實、樹體較高的營養貯備和早春土壤中養分的及時供應，可以滿足春季發芽展葉、開花坐果和新梢生長的需要。而落葉後和春季施基肥，肥效發揮作用的時間晚，對果樹早春生長髮育的作用很小，等肥料被大量吸收利用時，往往就到了新梢的旺長期。山區乾旱又無水澆條件的果園，因施用基肥後不能立即灌水，所以，基肥也可在雨季趁墒施用。但有機肥一定是充分腐熟的精肥，施肥速度要快，並注意不傷粗根。
在有機肥源不足時，也可將秸稈、雜草等作為補充，與有機肥混合使用。值得注意的是雖然有機肥肥源有限，但一定要遵循保證區域性、保證根系集中分佈層的原則，採用集中穴施，以充分發揮有機肥的肥效。集中穴施，就是從樹冠邊緣向裡挖深50釐米、直徑30～40釐米左右的穴，數目以肥量而定，然後將有機肥與土以1∶3或再加一些秸稈混勻，填入穴中再澆水。另外磷、鉀肥甚至鋅、鐵肥等可與有機肥混合施用，以提高其利用率。
