遺傳異常：降低物種在環境中的適應能力，增加後代先天缺陷的概率，二級近親的風險增加8倍，一級近親的風險增加31倍，同胞通婚的風險是正常婚配的125倍。
降低繁殖能力：近親繁殖會導致後代的體格變小，體質變弱或變嬌，生產能力和繁殖能力下降，近親繁殖的代數越多、時間越久，引發的後果越明顯。
一、遺傳異常
1、近親繁殖會增加隱性等位基因的相遇機率，併產生遺傳上的異常，比如降低物種在環境中的適應能力、增加後代先天缺陷的概率等。
2、與非近親繁殖（非近親結婚）相比，二級近親的風險會增加8倍，一級近親的風險會增加31倍，同胞通婚的風險率為正常隨機婚配的125倍。
二、降低繁殖能力
1、近親繁殖會導致後代的體格變小，體質變弱、變嬌，生產能力和繁殖能力降低，甚至出現怪胎。
2、近親繁殖的後果有時不會立即表現出來，但近親繁殖的代數越多、時間越久，造成的危害也越明顯。
3、近親繁殖對於豬、羊及其他小型家畜造成的危害大於牛、馬等大型家畜，因為小家畜的繁殖速度較快，近親繁殖產生的不良後果也會更快遺留下來。
4、豬：近親繁殖會導致產肉量減少。
5、羊：近親繁殖會導致產毛量降低。
6、雞：近親繁殖會減少產蛋量。
7、牛、馬、騾、驢：近親繁殖會導致後代拉車、耕地的能力變弱。
8、交通不便的山區容易看到體型較小的家畜，其主要原因就是長期野交濫配、近親繁殖。
三、近親繁殖的危害原因
1、生物的遺傳性狀（形體特徵，生理特點和行為本能等等）受環境條件、生物體內的遺傳因素所決定。
2、血緣較遠的家畜，由於它們的遺傳因素和環境條件的差別較大、較多，結合後可以互相取長補短，形成優良品種。
3、血緣相近的家畜，所處的環境條件很相似，它們所產生的精細胞和卵細胞之間的差別性較小，遺傳因素也比較相近，結合後無法補其所短，因此它們的部分後代會退化，或具有嚴重缺陷。
