細菌性感染：底部排洩物過多，而改底又不及時，容易滋生大量弧菌感染對蝦鰓部。
纖毛蟲類附著：改底次數較少或改底產品效果較差，滋生大量纖毛蟲，引發黑鰓。
藻類寄生：不良藻類大量繁殖導致黑鰓、爛鰓高發。
真菌-鐮刀菌寄生：鐮刀菌寄生引發對蝦黑鰓。
一、細菌性侵染
1、養殖對蝦時，由於底部的排洩物過多，改底不及時，底質惡化，病原微生物大量繁殖，pH不穩定，大量弧菌繁殖繼而感染對蝦鰓部，其中以溶藻弧菌、副溶血弧菌、鰻弧菌最為常見。
2、防治措施：對蝦池進行徹底清淤消毒，生長季節定期用碘或抑菌淨水進行消毒；高溫季節提高水位，適當加大換水量，保持良好的水質；一旦發病，及時治療。
二、纖毛蟲類附著
1、對蝦鰓部纖毛蟲的寄生，引發鰓部發黑。在對蝦的養殖過程中，改底次數較少或改底產品效果較差，致使池塘底部有機質較多，滋生大量纖毛蟲，而纖毛蟲寄生於白對蝦的頭部、鰓部，使得對蝦體質下降，鰓部粘附大量有機碎屑或藻類，常呈黃褐色或黑色。
2、防治措施：放苗前，對蝦池進行徹底清淤消毒；保持水質清新；放苗後注意經常換水；投飼要適量，儘可能避免過多的殘餌沉積於池底而造成水質汙染；使用產品殺滅或抑制纖毛蟲的生長，並迅速解毒，吸附絡合有機質，控制蟲體生長繁殖速度。
三、藻類寄生
1、不良藻類過盛繁殖，出現“藍藻水華”，鏡檢可見大量微囊藻。此種藻類顆粒會隨對蝦呼吸而進入鰓部，會因藻類顆粒積累過多而產生黑鰓、爛鰓現象。
2、防治措施：根據實際情況，適時換水，降低藻類數量，保持藻類的活力；定期使用水體平衡劑全池潑灑，淨化水質，及時吸附死藻等有機碎屑；定期使用氨氮降解劑或亞銷剋星，淨化水質，降解氨氮和亞鹽的毒性，同時與藻類競爭營養鹽，抑制藻類的生長。
四、真菌-鐮刀菌寄生
1、成熟的鐮刀菌菌絲體為黃褐色，使得感染蝦在發病早、中期鰓部為黃色，之後隨著大分生孢子的取代和黑色素的沉積，對蝦死亡時，鰓部多數變為黑色，因此常被歸入“黑鰓”病。
2、防治措施：嚴格消毒對蝦養殖池，將分生孢子全部殺死；在感染初期尚未發現明顯症狀時，應定期調水消毒，可以抑制鐮刀菌的生長髮育，降低對蝦死亡率。
五、環境不良
1、養殖用水被鎘、銅、原油等汙染後導致水質變差，池底殘存飼料腐爛分解後產生氨、亞硝酸鹽、硫化氫等物質，使蝦慢性中毒而引起黑鰓病；也有因為在防治蝦病時使用硫酸銅或高錳酸鉀劑量過大或次數過多，銅離子直接損傷鰓絲，或高錳酸鉀形成的二氧化錳粘附在鰓絲表面，引起黑鰓。
2、防治措施：放苗前徹底清淤消毒；根據水質情況，適時適量換水；定期用免疫應激產品靈或者營養素拌料，補充維生素；儘量少用或不用含硫酸銅或高錳酸鉀成份的藥品，如若必須用時，切勿過量，並注意換水。
六、飼料營養不全、缺乏維生素C
1、對蝦餌料中的營養物質不全面、微量無素缺乏，特別是維生素C的缺乏，引起黑鰓。這與長期投喂單一飼料、前期肥水不利有關。
2、防治措施：換水或遇到陰雨天氣需要潑灑維生素C，避免應激；定期在飼料中新增維生素C。
