辨別假劣雜交水稻種子，看整齊度，混有其他稻穀的雜交稻種子粒型不整齊；看穀殼色，雜交水稻種子穀殼上有一些不均勻的黃褐色等生理性雜色，而父本、保持系穀粒顏色一致，保持系和其他混雜穀粒比雜交水稻種子透明度高，穀殼比雜交水稻種子光滑。還可以看柱頭痕跡、染色測定、種子純淨度、種子含水量、種子“三證”。
一、看整齊度
混有其他稻穀的雜交稻種子粒型不整齊。混入的父本和其他秈稻明顯比雜交水稻種子細長飽滿，而粳稻穀則較圓。
二、看穀殼色
雜交水稻種子穀殼上有一些不均勻的黃褐色等生理性雜色，而父本、保持系穀粒顏色一致，保持系和其他混雜穀粒比雜交水稻種子透明度高，穀殼比雜交水稻種子光滑。
三、看柱頭痕跡
非雜交水稻穀粒因多屬於自花授粉，雌蕊柱頭不外露，柱頭痕跡留在穀殼內部，剝去穀殼在米粒頂部可以看到一點淺黑色的柱頭痕跡。而雜交種屬於異花授粉，柱頭露出，仔細觀察穀粒內外夾縫中間，可以發現一點不明顯的小黑點即柱頭痕跡，這是識別雜交水稻種子和其他稻粒的重要依據。
四、看染色測定
方法是將稻穀殼從胚部縱切成兩半，取每粒的一半洗淨，浸泡在稀釋成60倍液的紅墨水中，1小時後取出用清水衝選，如果種胚沒染色或染色較淺，證明種子有活力的，若染色較深，證明種子失去活力。這樣便可以識別雜交種子中不發芽的變質種子。
五、看種子純淨度
用手抄一下種子，掌上指間有固體顆粒如土粒、砂粒等雜質，手指附著細粉狀物，證明種淨子純度不符合國家規定的標準（99%）。
六、看種子含水量
簡單的方法是用牙咬穀粒，如果有尖脆響聲，則含水量幾乎正常；如果沒有尖脆響聲或穀粒的斷面不整齊，則種子的含水量一般高於正常標準（11、5%）。
七、看種子“三證”
凡有有種子經營許可證、質量合格證和植保部門病蟲檢疫證的種子，都是優質雜交水稻種子。否則，就是假雜交水稻種子。
