1.捕食：在自然界有些動物或昆蟲可以以某種（些）害蟲為食物，通常將前者稱作後者的天敵。有天敵存在，就自然地壓低了害蟲的種群數量(蟲口密度），如蝴蛛捕食蚊、蠅等，蝴蛛便是蚊、蠅的天敵。
2.以菌治菌：如黑木耳細菌性爛耳病，噴施青黴素溶液防治效果較好。防治其他細菌性病害，可用100～200毫克/千克農用鏈黴素進行噴施防治。
3.以菌殺蟲：利用蘇雲金桿菌製劑防治蚊蠅、蛸類、線蟲，殺蟲效果良好。其他還有利用白僵菌、綠僵菌等寄生菌的寄生起到殺蟲作用。
4.拮抗作用：由於不同微生物間的相互制約，彼此抵抗而出現一種微生物抑制另一種微生物生長繁殖的現象，稱作拮抗作用。利用生物之間的拮抗作用，可以預防和抑制多種雜菌，如選用抗黴力強的優良菌株’就是利用拮抗作用的例子。
5.佔領作用：栽培實踐表明，大多數雜菌更容易侵染未接種的培養料，包括堆肥、段木、代料培養基等。但是，當食用菌菌絲體遍佈料面，甚至完全吃料後，雜菌較難發生。因此，在菌種製作和食用菌栽培中，常採用適當加大接野量的方法，讓菌種儘快佔領培養料，以達到減少汙染的目的。這就是利用&領作用抑制雜菌的例子。
6.植物製劑：用0.1%魚藤精可殺死跳蟲及菇蠅幼蟲。在耳床上撒一層除蟲菊或菸草粉末來防治跳蟲；用0.125%～1.25%大蒜提取液防治青黴、麴黴、根黴、木黴等。
