番茄細菌性軟腐病的果實染病症狀主要表現為果實表面出現水漬狀斑點。這些斑點逐漸擴大融合，形成大面積軟腐病斑。軟腐病斑的表面會出現明顯的凹陷，壓迫後還會流出水分和黃色液體。果實的顏色也會逐漸變深，表皮變得鬆軟。
番茄細菌性軟腐病還會導致果實發生腐爛。果實中心出現軟化，逐漸擴大腐爛區域。果實內部會出現明顯的棕色腐爛組織，甚至會有黑色黴點覆蓋。果實的內部結構也會受到破壞，導致果肉變得糊狀或液態。
番茄細菌性軟腐病還會引起果實的變形。由於軟腐病斑的擴大和果實內部組織的破壞，果實會出現區域性凹陷或隆起。果實的形狀變得不規則，影響了果實的外觀和品質。
