可以用車運、竹箱、人工挑運等方法運輸黃鱔苗。其中利用車輛運輸黃鱔，最大的危害為震動，震動會對黃鱔的生理機能造成破壞，為了減輕車運黃鱔時的震動盪起水波，可以在裝黃鱔的容器內放一層柔軟水草，厚度15釐米為宜。人工挑運黃鱔苗是黃鱔苗運輸中最安全、最可靠的一種方法，但是運輸速度較慢，運輸時間較長。
一、車運
利用車輛運輸黃鱔，最大的危害為震動，且震動時間越長、強度越大，對黃鱔的生理機能破壞程度越大。為了減輕車運黃鱔時的震動盪起水波，可以在裝黃鱔的容器內放一層柔軟水草，厚度15釐米為宜，可以消除一部分震盪，阻止容器中的水波激盪，田字草、細嫩的水花生等均可。如果所用的水草較老、較硬，可以用腳使勁踐踏，踏軟後清洗乾淨再放入運輸黃鱔的容器中。
二、竹箱
用竹箱做成的鱔簍，裝運黃鱔時會損傷一點點黃鱔體表黏液。對於這種現象，可以在竹箱底部擦拭黃色的稀泥，也可以用1-2個雞蛋打成糊狀後，抹在竹箱底，提高竹箱底部的光滑度，保護黃鱔苗的體表黏液不受損害。
三、人工挑運
人工挑運黃鱔苗是黃鱔苗運輸中最安全、最可靠的一種方法。缺點為運輸速度較慢，運輸時間較長。因此，運輸時要注意在容器上遮蔭，避免溫差危害。另外，運輸黃鱔種苗時最好不用水或少量用一點水，以防因為水波激盪而引起黃鱔暈迷死亡。
