小麥真菌病害有很多，如小麥鏽病、小麥白粉病、小麥紋枯病、小麥赤黴病、小麥葉枯病、小麥根腐病等。以小麥鏽病為例：農業防治措施主要包括選用抗病品種、適期播種、合理密植、適量適時追肥、收穫後對麥田進行翻耕滅茬、消滅雜草和自生麥苗等，化學藥劑主要有粉鏽寧粉劑或乳油、氰菌唑、戊唑醇、烯唑醇、粉菌特等，藥液以噴灑在葉背面為主。
一、小麥鏽病
1、農業防治
選用抗病品種；適期播種，避免早播；合理密植；適量適時追肥，避免過多過遲施用氮肥；收穫後對麥田進行翻耕滅茬，消滅雜草和自生麥苗，控制越夏菌源；鏽病發生時，南方多雨麥區要開溝排水，北方乾旱麥區要及時灌水。
2、化學防治
防治小麥鏽病的化學藥劑主要有粉鏽寧粉劑或乳油、氰菌唑、戊唑醇、烯唑醇、粉菌特等。發生嚴重時，除了防治發病麥田外，還要對周邊發病輕和不發病的麥田進行防治。由於小麥鏽病主要發生在小麥葉片的背面，因此噴施藥液以噴灑在葉背面為主。
二、小麥白粉病
1、農業防治
種植抗病品種；根據品種和地力，合理安排播量，並適當推遲播期，控制群體不宜過大；控制氮肥用量，增施磷鉀肥，促使小麥生長健壯。
2、化學防治
小麥白粉病發病後用藥效果不太好，因此主要在於預防和發病初期防治，一般可選用雜環類（乙嘧酚、乙嘧酚磺酸酯）或三唑類（三唑酮、乙唑醇、丙環唑、戊唑醇、氟環唑等）或嘧菌酯、醚菌酯等藥劑。
三、小麥紋枯病
1、農業防治
選擇抗（耐）病品種，如濟麥22、周麥22等；合理輪作，避免早播，可適當延遲播種；避免過量施用氮肥，平衡施用磷、鉀肥，特別是重病田要增施鉀肥，以增強麥株的抗病能力；及時清除田間的雜草及病株；及時排出田間的雨水。
2、化學防治
防治小麥紋枯病常用的化學藥劑有12.5%烯唑醇、50%多菌靈、20%三唑酮等。通常在小麥返青後、田間病株率達到15%左右時進行化學防治，主要通過噴霧的方式將藥液噴灑在麥苗基部病斑上。
四、小麥赤黴病
1、農業防治
選種抗性品種；根據氣候以及小麥的生長期，適當提前或推遲播種，避免小麥揚花期在雨季；合理排灌，溼地要開溝排水，尤其在揚花期要避免多澆水；追肥不能過晚，否則容易造成貪青晚熟，增加侵染機會；小麥成熟後，要儘快收割脫粒，並深耕滅茬。
2、化學防治
防治小麥赤黴病，一般可用50%多菌靈可溼性粉劑、15%三唑酮溼性粉劑等拌種。始花期至盛花期可用40%多菌靈膠懸劑、50%甲基硫菌靈等化學藥劑兌水噴霧，其中多菌靈防治小麥赤黴病的效果較好，注意避開陰雨天氣施藥。
五、小麥葉枯病
1、農業防治
選擇無病或抗病品種進行種植；適期適量播種；控制氮磷鉀肥的配合使用；控制灌水，雨後及時排水；改善通風透光條件，控制田間溼度。
2、化學防治
小麥葉枯病的防治主要以預防為主，播種前通常可用紋黴淨、福美雙、三唑酮·多菌靈或其他藥物對種子進行拌藥處理。小麥田間發病時，選用百菌清+烯唑醇、三唑酮、甲基硫菌靈、氟矽唑、異菌脲等防效好。
六、小麥根腐病
1、農業防治
選擇抗病品種；避免連作，可與亞麻、馬鈴薯、油菜及豆科植物等作物輪作換茬；適時早播、淺播；合理肥水管理，施用腐熟的有機肥；麥收後及時耕翻滅茬，使病殘組織當年腐爛，以減少病源。
2、化學防治
選用退菌特浸種24-36小時，防效在80%以上。發病時，可在小麥揚花期噴灑丙環唑或福美雙可溼性粉劑進行防治，等到小麥灌漿期至乳熟初期，再選用福美雙或者用三唑酮也能有效控制該病害，但要注意第一次用藥和第二次用藥之間要間隔15天。
