南疆棉花產區：南疆棉區主要分佈在天山南麓、天山南脈直到崑崙北麓的漫長C型區域內，包括巴州、阿克蘇、喀什、和田。
北疆棉花產區：北疆棉區主要分佈在烏魯木齊往西至塔城地區烏蘇市一帶，包括昌吉州、塔城、博州等地區。
東疆棉花產區：東疆棉區主要以吐魯番地區和哈密地區為主。
一、南疆棉花產區
1、南疆棉區是新疆棉花的主產區，其棉花產量佔據了新疆棉區總產量的80%左右，其中棉花產量最大的為新疆阿克蘇地區，佔據了新疆棉區總產量的50-65%左右，因此又有“中國棉花看新疆，新疆棉花看阿克蘇”的說法。
2、南疆棉區主要分佈在天山南麓、天山南脈直到崑崙北麓的漫長C型區域內，包括巴州地區（輪臺縣、庫爾勒市、尉犁縣、和碩縣、且末縣）、阿克蘇地區（阿克蘇市、新和縣、溫宿縣、沙雅縣、庫車縣、阿瓦提縣、柯坪縣）、喀什地區（英吉沙縣、嶽普湖縣、疏附縣、澤普縣、葉城縣、伽師縣、疏勒縣、麥蓋提縣、巴楚縣、莎車縣、喀什市）、和田地區（洛甫縣、墨玉縣、和田縣、于田縣）、克州地區（阿克陶縣）等。
二、北疆棉花產區
1、北疆棉區分佈相對較為集中，主要分佈在首府烏魯木齊往西，沿著天山支脈博羅科魯山北側至塔城地區烏蘇市一帶（北疆棉花產區80%的棉田分佈於此，種植面積接近1200萬畝），包括昌吉州地區（昌吉市、瑪納斯縣、呼圖壁縣），塔城地區（烏蘇市、沙灣縣、和豐縣）以及博州地區（精河縣、博樂市）。
2、北疆棉區大多為平原地形，有利於機械作物，其機械化率高達90%以上，而南疆棉區平均機械化採棉率為60%左右。
三、東疆棉花產區
東疆棉區的佔地面積比南北疆棉區少，主要以吐魯番地區（托克遜縣）和哈密地區（哈密市）為主。
