龍眼是具有混合花芽的果樹，屬於當年花芽分化，當年開花結果的生育型別。龍眼花芽分化大致可以劃分為花芽生理分化期、形態分化期、性細胞成熟期三個階段。
一、龍眼樹花芽生理分化期：
龍眼生理分化期是從秋梢停止營養生長至花芽形態開始分化這段時間。花芽生理分化是龍眼花芽形態分化不可少的前提條件，一般在12月份至翌年1月份，枝梢暫時停止伸長或緩慢生長時期進行。
二、龍眼樹花芽形態分化期：
形態分化期是枝梢生長點在生理分化以後，出現的形態——花萼、花瓣、雄蕊、雌蕊原基的形態分化期。一般從1月中下旬開始，與春季枝梢頂芽萌動同步進行，相伴發生，2月上旬至下旬是分化前期；3月上中旬為多級側花序分化期；3月中旬至5月初為花器官分化期，其中3月中旬至4月下旬為花萼分化期，3月下旬至4月下旬為花瓣分化期和雄蕊分化期，4月上旬至5月初為雌蕊分化期。如遇上高溫多溼，葉芽旺盛生長，花芽則退化，長成營養枝，在冬天表現為冬芽，在春天表現為衝梢。
三、龍眼樹花芽性細胞成熟期：
性細胞成熟期是在雌、雄蕊原基形成後，繼續經過多次分化而形成雌、雄配子體的時期，即3月中旬至5月初的花器官分化期。性細胞能否充分發育成熟的基礎是樹體保持有較高水平的糖類和有機氮，這樣才能滿足雌、雄配子體的正常發育。近年一些地方龍眼生產出現開花旺盛但結果少的現象，原因就是大量的營養物質消耗到冬季枝葉生長或花穗發育過長過大、花朵數過多以及花穗發生衝梢，使花芽分化期樹體貯備營養水平降低，滿足不了性細胞成熟對養分的要求，造成畸形的中性花比例多，大量落花。因此，在施肥管理上，既要使夏秋季樹體保持較高的生長勢，增加營養物質的積累，又要迫使冬季樹體適時休眠，培養短壯花穗，防止花穗發生衝梢，是提高龍眼產量的關鍵措施。
