主要是莖基部有水漬狀病斑。受害幼苗莖基部淡黃色斑，後變為褐色斑紋，根系遭受破壞，根部呈褐色。重病苗逐漸死亡，輕病苗尚可生出新根。病苗地上部矮小。小麥紋枯病主要發生在葉鞘及莖杆上。發病初期，在地表或近地表的葉鞘上產生黃褐色橢圓形或梭形病斑，以後病部逐漸擴大，顏色變深，並向內側發展為害莖部。小麥生長中期至後期葉鞘上的病斑呈雲紋狀花紋。
