什麼樣的棉花種子才算是好的棉花種子呢？棉花種子在選用時應遵循怎樣的原則？以下十點供參考。
一要選擇經省級以上農作物品種審定委員會審定的品種。二要看清審定品種編號和界定的種植範圍。三要看品種是否有生產許可證、經營許可證、檢疫證。四常規抗蟲棉原種純度要達98%以上，雜交抗蟲棉F1的純度要達95%以上，儘量選用雜交F1，不用雜交F2。五要對植棉面積較大的農戶，引導他們選用1~2個當地主推品種。六要選用一定的雙價（含兩個抗蟲基因）轉基因抗蟲棉品種，因為雙價轉基因抗蟲棉抗蟲性更加穩定、持久。
有些棉籽不適合做種子。感病嚴重的棉籽，枯、黃萎病是制約棉花產量的頑症之一，棉籽又是病菌的載體。因此，枯、黃萎病嚴重地區的棉種，不能調入感病輕的棉區，更不能調入無病棉區。
伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生長髮育不良，成熟度差，鈴重輕，種子發芽率低，長勢脆弱。剝桃花的棉籽。有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍然有搶墒剝桃花的陋習。凡剝桃花的棉籽，由於沒有充分成熟，更沒有完成後熟作用，絕對不能推向市場。
噴施了乙烯利的棉籽。噴施乙烯利雖可促棉花早熟3~4天，但對棉籽損傷較大，致使發育不全，不能做種。
退化嚴重的品種。棉花是異交作物，異交率在8%左右，有些棉農多年不更換新的品種，棉種純度只有70%~80%，繼續使用必將導致減產。
與農藥、化肥一起存放的棉籽。有些農戶將棉籽與農藥、化肥長期存放於一個倉庫內，且通風不良，由於農藥、化肥散發的有毒氣體會損傷棉籽正常的生理，造成發芽率銳減。
儲存年代過久的棉籽。棉種存放半年一般發芽率在80%以上，在無低溫冷藏裝置的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈負增長。
水泥晒場上晒過的棉籽。在水泥晒場上晒含水量較高的棉籽，由於棉籽呼吸強度旺盛，造成棉種生理機能失調，部分棉籽形成啞籽，失去發芽能力。
機械損傷過重的棉籽。精加工的包衣棉種中，機械損傷率應控制在2%以內。破籽率超過2%以上的棉籽，受藥物浸染過重，對發芽率影響很大，不宜於作種用。
