以農業防治為主的預防系統，如有利控制的高產耕種、輪作制度，種植抗（耐）性強的優良品種及其合理的品種佈局；培育無病蟲的種苗，針對性的種子消毒、土壤處理。
小麥赤黴病，楊花期染病，灌漿期見病，一旦發生很難防治。赤黴病的防治採取預防為主，綜合防治。在小麥抽穗後楊花5一10%進行噴藥預防。
一般情況下，小麥先抽穗、後揚花，應於揚花10%-50%時施藥；若穗期溫度高，小麥邊抽穗、邊揚花，應提前至齊穗期施藥。施藥應搶在雨前進行，施藥關鍵時期遇雨，應於雨隙噴藥。
防治小麥赤黴病有句順口溜，叫無花早盛花遲，見花打藥正當時說的就是小麥未揚花時打藥有些早，而在揚花盛期打藥就已為時過晚，只有見花打藥正當時，也是預防赤黴病的關鍵時期。
小麥赤黴病防治可以選用耐病品種種植，如蘇麥3號、蘇麥2號等；也可以在播種前用增產菌劑拌種，晾乾後再播種；還可以在揚花初期，每畝用25%氰烯菌酯懸浮劑100-200毫升，或者40%戊唑·咪鮮胺水乳劑20-25毫升進行噴霧防治，每隔7天交替用藥1次。
