玉米穗腐病在發病期，病穗頂部或中部會變成粉紅或黑色等色，籽粒無光澤，並且幹扁，內部空虛長滿菌絲，最後黏結在果穗上。
果穗及籽粒均可受害，被害果穗頂部或中部變色，並出現粉紅色、藍綠色、黑灰色或暗褐色、黃褐色黴層，即病原蓖的菌體、分生孢子梗和分生孢子。病粒無光澤，不飽滿，質脆，內部空虛，常為交織的菌絲所充塞。果穗病部苞葉常被密集的菌絲貫穿，黏結在一起貼於果穗上不易剝離，倉貯玉米受害後，糧堆內外則長出疏密不等，各種顏色的菌絲和分生孢子，並散出發黴的氣味。
病原菌侵染果穗，引起果穗頂部或中部及下部籽粒變腐而黴爛，呈黑褐色或紅色。導致穗軸變鬆軟，不耐貯藏，穗粒數減少，千粒重降低，品質變劣，單株產量下降。
