西瓜枯萎病病菌要進行水旱輪作，可以有效控制病害。菌絲的中段或頂端還能形成褐色、球形的厚壁孢子，並能在組織中形成菌核。病菌喜溫暖潮溼的環境，發病溫度範圍在4-34℃；最適發病環境溫度為24-28℃，氣溫在35℃以上可抑制病害發生。菌絲的中段或頂端介球形厚壁孢子。枯萎病孢子可以在旱地土壤中存活10年以上，甚至通過牲畜的消化道後依然可以存活。該病病菌可在旱地土壤中存活10年以上。
