藥劑防治：在根腐病發生較重的地區，應採用含殺菌劑的種衣劑進行玉米種子包衣處理，或在播種前用殺菌劑拌種。對於鐮刀菌和絲核菌引起的根腐病，可以選用75%百菌清可溼性粉劑、50%多菌靈可溼性粉劑、80%代森錳鋅可溼性粉劑以種子重量的0.4%拌種，也可以用衛福拌種劑直接拌種。對於腐黴菌根腐病，則應選擇殺卵菌藥劑，如58%甲霜靈錳鋅可溼性粉劑、64%防毒礬可溼性粉劑、綠亨1號拌種劑等藥劑以種子重量的0.4%拌種。
玉米根腐病主要發生在玉米幼苗長到3-5葉的時候，前期玉米幼苗的根鬚部位出現水漬狀，然後導致根鬚開始出現黃化，最後導致玉米的根部腐爛倒伏，用手輕輕一提幼苗的時候，根部和莖部會出現分離。
玉米根腐病的防治方法：增施硫酸鉀、氯化鉀或含鉀複合肥，每畝用純鉀6-7公斤作基肥。多劃鋤，提高地溫。加強肥水管理，促苗壯。杜絕病株秸稈還田，減少再侵染源。
