水稻黑條矮縮病在水稻整個生長期內都可能發生，發病越早，危害越大，最終嚴重影響水稻產量。秧田期，感病秧苗葉片僵硬直立，葉色墨綠，根系短而少，生長髮育停滯。水稻分櫱期，感病植株明顯矮縮，部分植株早枯死亡。水稻拔節時期，感病植株嚴重矮縮，高位分櫱、莖節倒生有不定根，莖稈基部表面有縱向瘤狀乳白色凸起。穗期，植株嚴重矮縮，不抽穗或抽包頸穗，穗小顆粒少，直接影響水稻產量。
水稻比健康水稻明顯矮縮,葉子短小僵直、深綠,新抽出的葉片變得扭曲皺縮,發病初期葉片背面的葉脈和莖稈上有蠟淚狀白色凸起,後來變成黑褐色的短條瘤狀凸起,水稻不抽穗或穗小,最終可導致嚴重減產;非典型症狀包括病苗生長緩慢,矮縮,分櫱少,葉脈和莖稈上觀察不到蠟淚狀凸起。
