西瓜莖尖的生長速度變緩慢，甚至出現停止生長的情況，嫩尖彎曲常出現裂口；花朵發育不正常，雌蕊柱頭短小，授粉不良，出現大量落花的現象；嫩葉生長異常，葉子捲曲、變小、肥厚、皺縮、無法展平，類似感染了病毒的症狀；果實發育也非常緩慢，果小，部分穗不結實，塊根、漿果出現中心黑腐和壞死的情況。
果實發育非常緩慢，果小，部分穗不結實，塊根、漿果出現中心黑腐和壞死的情況。
果實發育緩慢，果小；葉捲曲小而厚、皺縮：
西瓜缺硼時，從伸蔓期開始，藤蔓叢生，生長點受到抑制，發白，葉片小，葉面皺縮，凸凹不平，往往會誤診為病毒病。缺硼植株的新蔓上有橫向裂紋，脆而易斷，有時有褐色黏稠狀物流出，而西瓜病毒病無此現象；西瓜缺硼病沒有發病中心，而西瓜病毒病有發病中心，並向四周蔓延。
