西瓜疫病在西瓜幼苗、成株均可發病，危害葉、莖及果實。子葉染病先呈水浸狀暗綠色圓形斑，中央逐漸變成紅褐色，近地面處縊縮或枯死。真葉染病，初生暗綠色水浸狀圓形或不整形病斑，迅速擴充套件，溼度大時，腐爛或像開水燙過，幹後為淡褐色，易破碎。莖基部染病，生紡錘形水浸狀暗綠色凹陷斑，包圍莖部且腐爛，患部以上全部枯死。果實染病，則形成暗綠色圓形水浸狀凹陷斑，後迅速擴及全果，致果實腐爛。
疫病一般侵害瓜根頸部，還可侵害葉、蔓和果實。根頸部發病初期產生暗綠色水漬狀病斑，病斑迅速發展環繞莖基呈軟腐狀、縊縮、全株萎蔫枯死，葉片呈青枯狀，維管束不變色。有時在主根中下部發病，產生類似症狀，病部軟腐，地上部青枯。葉部發病時產生暗綠色水漬狀斑點，並迅速擴大為近圓或不規則大型黃褐色病斑，溼度大時呈全葉腐爛，幹後病葉呈淡褐色極易破碎。
