小麥赤黴病發生流行與菌源的數量以及抽穗至灌漿期的溫溼度和雨量有關。小麥赤黴病發生流行主要與麥田高溫高溼或遇連續陰雨，都是誘發赤黴病的主要因素。春季氣溫7℃以上，土壤含水量大於50%形成子囊殼，氣溫高於12℃形成子囊孢子。在降雨或空氣潮溼的情況下，子囊孢子成熟並散落在花葯上，經花絲侵染小穗發病。遲熟、穎殼較厚、不耐肥品種發病較重；田間病殘體菌量大發病重；地勢低窪、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田間鬱閉發病重。溼熱的天氣容易發生小麥赤黴病。
