該病是由真菌引起的。危害幼苗、莖部、葉片和果實等。是冬春保護地栽培中的毀滅性病害。苗期發病莖基部初呈水浸狀淺褐色斑，後變棕褐色，溼度大時長出白色棉絮狀菌絲，或軟腐，但不產生臭味，病苗呈立枯狀死亡。成株莖或分杈處易發病，發病莖呈灰白色，溼度大時病部表面生有白色棉絮狀菌絲體，後莖部皮層黴爛。葉片發病呈水浸狀軟腐，引起葉片脫落。果實發病時果面先變褐色，呈水浸狀腐爛，逐漸向全果擴充套件，有的先從臍部開始向果蒂擴充套件至整果腐爛，表面長出白色菌絲體。
幼苗。苗期發病在莖基部呈水漬狀病斑，以後病斑變淺褐色，環繞莖一週，溼度大時病部易腐爛，無臭味，乾燥條件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。成株期。主要發生在主莖或側枝的分杈處，病斑環繞分杈處，表皮呈灰，白色，從發病分衩處向上的葉片青萎，剝開分杈處，內部往往有鼠糞狀的小菌核。果實染病，往往從臍部開始呈水漬狀溼腐，逐步向果蒂擴充套件至整果腐爛，溼度大時果表長出白色菌絲團。
苗期發病莖基部初墨水浸狀淺褐色斑，後變棕褐色，迅速繞莖一週，溼度大時長出白色棉絮狀菌絲，或軟腐，但不產生臭味，乾燥後呈灰白色，病苗呈立枯狀死亡。成林莖或分權處易發病，發病莖呈灰白色，溼度大時病部表面生有白色棉絮狀菌絲體，後莖部皮層黴爛，病莖表面或髓部形成黑色菌核。菌核鼠糞狀。乾燥時植株表皮破裂，纖維束外露似麻狀。葉片發病呈水浸狀軟腐，引起葉片脫落。
辣椒發生菌核病的症狀:苗期染病莖基部初呈水漬狀淺褐色斑,後變棕褐色,迅速繞莖一週。溼度大時長出白色棉絮狀菌絲或軟腐,但不產生臭味,乾燥後呈灰白色,病苗呈立枯狀死亡。
苗期發病在莖基部呈水漬狀病斑，以後病斑變淺褐色，環繞莖一週，溼度大時病部易腐爛，無臭味，乾燥條件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。成株期，主要發生在主莖或側枝的分杈處，病斑環繞分杈處，表皮呈灰，白色，從發病分衩處向上的葉片青萎，剝開分杈處，內部往往有鼠糞狀的小菌核。
