根據櫻桃根癌病的發病機理推斷，櫻桃樹體一旦感染根癌病後，沒有藥劑可以治療。根癌病的防治重點在於預防。選用抗根癌病砧木，是高抗櫻桃根癌病的砧木。注意育苗，不在重茬地育苗，不用帶瘤苗木建園，苗木定植前用根癌寧3號2倍或農用鏈黴素1000倍進行蘸根。
防治方法：（1）選用抗根癌的砧木。選用馬哈利櫻桃、中國櫻桃和酸櫻桃等作嫁接砧木，發病較輕。實生甜櫻桃作砧木發病重，不宜採用。（2）定植前對苗木進行嚴格消毒。栽植前最好用石灰乳(石灰：水=1：5)蘸根或用1%硫酸銅液浸根5一10分鐘，再用水洗淨，栽植。（3）挖除重病和病死株，及時燒燬。（4）藥劑防治：先將櫻桃根部土壤扒開，切除病瘤（注意病瘤要燒燬），晾乾傷口，用5%農用鏈黴素可溼性粉劑500倍液或用20%噻菌酮（龍克菌）可溼性粉劑600倍液或5%硫酸銅液灌根，然後覆土，覆土最好選用客土。
