菌核遺留在土中或混雜在種子中越冬或越夏。混在種子中的菌核，隨播種帶病種子進入田間傳播蔓延，該病屬分生孢子氣傳病害型別，其特點是以氣傳的分生孢子從寄生的花和衰老葉片侵入，以分生孢子和健株接觸進行再侵染。侵入後，長出白色菌絲，開始為害柱頭或幼瓜。在田間帶菌雄花落在健葉或莖上經菌絲接觸，易引起發病，並以這種方式進行重複侵染，直到條件惡化，又形成菌核落入土中或隨種株混入種子間越冬或越夏。
大蔥的小菌核病是通過被汙染的土壤傳播的。
菌核在田土中長期生存，形成侵染源。種植大蔥後，從秋季到早春，菌核侵入苗的接近地面部位和根部發病。氣溫約10℃時迅速蔓延，到20℃時停止生存於地表和地表下5cm處的菌核，成為病害的主要侵染源。
