因為一般三系雜交水稻是由恢復系和不育系雜交而得，所以其命名就根據親本材料的名字而命名。三系雜交水稻包括：不育系，保持系，恢復系。一般雜交種子是由自交繁殖的恢復系和利用保持系繁殖的不育系，雜交而得。所以，要保證雜交水稻的成功，父本材料恢復系，母本材料不育系，以及保證不育系能夠穩定遺傳的保持系都要具備。而兩系雜交水稻，是把恢復系和保持繫結合使用，利用光敏，溫敏等材料繁育，使恢復系在不同氣候條件下可以表現出保持系的特性。
三系或兩系各有優缺點。三系感病率低於兩系，兩系的產量高於三系。
三系雜交稻，雄性不育系，靠保持系花粉繁殖；兩系雜交稻中，雄性不育系在光照條件達到時，即可恢復花粉功能，可以自花授粉，完成繁殖。
三系感病率低於兩系，但兩系產量高於三系。
