沼氣的淨化一般應包括沼氣的脫水、脫硫及脫二氧化碳。沼氣中的水分與硫化氫共同作用,能加速管道及閥門、流量計的腐蝕，硫化氫還對大氣造成汙染，所以要脫除。
沼氣如何進行脫水：從發酵裝置出來的沼氣含有飽和水蒸氣，可用3種方法將其去除。
(1)冷分離法。是利用壓力能變化引起溫度變化，使水蒸氣從氣相中冷凝下來的方法。
常用的有兩種流程:
A．節流膨脹冷脫水法。一般用於高壓燃氣，經過節流膨脹或低溫分離，使部分水冷凝下來。
B．加壓後冷卻法。如淨化氣在08MPa壓力下的冷卻脫水。
(2)溶劑吸收法。屬於這類脫水溶劑的有氯化鈣、氯化鋰及甘醇類。
(3)固體物理吸水法。吸附是在固體表面力作用下產生的，根據表面力的性質分為化學吸附(脫水後不能再生)和物理吸附(脫水後可再生)。
沼氣的脫硫：沼氣中的有害物質主要是硫化氫，它危害人體健康，對管道閥門及應用裝置有較強的腐蝕作用。目前，國內大部分使用者均未安裝脫硫器，已造成嚴重後果。為減輕硫化氫對灶具及配套用具的腐蝕損害，延長裝置使用壽命，保證人身健康，必須安裝脫硫器。脫硫原理：在常溫下含有H2S的沼氣通過脫硫劑床層，沼氣中H2S與活性物質(如氧化鐵)接觸，生成硫化鐵和亞硫化鐵，然後含有硫化物的脫硫劑與空氣中的氧接觸，當有水存在時，鐵的硫化物又轉化為氧化鐵和單體硫。這種脫硫和再生過程可迴圈進行多次，直至氧化鐵脫硫劑表面大部分被硫或其他雜質覆蓋而失去活性為止。脫硫方法：脫硫的方法有溼法脫硫和幹法脫硫兩種。幹法脫硫具有工藝簡單，成熟可靠、造價低等優點，並能達到較好的交貨程度。目前家用沼氣脫硫基本上採用這種方法。幹法脫硫劑有活性炭、氧化鋅、氧化錳及氧化鐵等，從運轉時間、使用溫度、公害、價格等綜合考慮，目前採用最多的脫硫劑是氧化鐵。
