滴灌系統要想良好工作，滴灌管的滴頭必須出水均勻，均勻度至少要控制在90%以上。一切的設計措施都是圍繞出水均勻這個目的來進行的。所以，過濾防堵塞在滴灌當中起著至關重要的作用。很多滴灌系統的失敗都是因為滴頭堵塞造成的。
滴頭堵塞的原因有很多。主要的原因有：1、水源過濾不徹底，帶來雜質堵塞；2、使用肥料不當，造成肥料沉澱堵塞；3、施肥過後沒有及時用清水沖洗管道，滋生微生物和藻類等引起堵塞。針對這些原因，系統設計或管理時可以採取如下措施：
過濾器的選擇
水源水質的不同，過濾器種類的選擇也不同。水質清澈，只是一些漂浮的雜質，或是其它粗顆粒雜質，可以選擇120目的疊片過濾器，能夠很好地過濾這些雜質，使用簡單方便，價格也便宜。當水質比較渾濁，細泥沙細顆粒多，選擇介質過濾器（沙石過濾器），配合沉沙池使用，過濾效果良好。除了選擇合適的過濾器以外，水源源頭也要過濾雜物。如：溝渠、水塘、水池等建攔汙網，水泵吸水法蘭頭和肥料池出水口還必須包紮80目以上的紗網，可以減輕過濾器的負擔，減少清洗的次數。
