1感染動物煩躁不安，背毛無光，口鼻乾燥，食慾減退。流黏液膿性鼻漏，撥出惡臭氣體。2在發熱的前4天，口腔黏膜充血，頰黏膜進行性廣泛性損害、導致多涎，隨後出現壞死性病灶，開始口腔黏膜出現小的粗糙的紅色淺表壞死病灶，以後變成粉紅色，感染部位包括下脣、下齒齦等處。3嚴重病例可見壞死病灶波及齒墊、顎、頰部及其乳頭、舌頭等處。4後期出現帶血水樣腹瀉，嚴重脫水，消瘦，隨之體溫下降。出現咳嗽、呼吸異常。
小反芻獸疫潛伏期為4～5天，最長21天，陸生動物衛生法典規定為21天。自然發病僅見於山羊和綿羊。山羊發病嚴重，綿羊也偶有嚴重病例發生。一些康復山羊的至41℃，並持續3～5天。感染動物煩躁不安，背毛無光，口鼻乾燥，食慾減退。流黏液膿性鼻漏，撥出惡臭氣體。在發熱的前4天，口腔黏膜充血，頰黏膜脣部形成口瘡樣病變。感染動物臨診症狀與牛瘟病牛相似。急性型體溫可上升進行性廣泛性損害、導致多涎，隨後出現壞死性病灶，開始口腔黏膜出現小的粗糙的紅色淺表壞死病灶，以後變成粉紅色，感染部位包括下脣、下齒齦等處。嚴重病例可見壞死病灶波及齒墊、顎、頰部及其乳頭、舌頭等處。後期出現帶血水樣腹瀉，嚴重脫水，消瘦，隨之體溫下降。出現咳嗽、呼吸異常。
