種子溫高時不宜入庫。大豆種子含有豐富的蛋白質，在高溫條件下易變性。因此，大豆種子必須低溫入庫。特別是經過晾晒的大豆種子，必須先攤開冷卻後，方可入庫儲藏。陰雨潮溼天氣不宜入庫。在收購前要進行科學安排，瞭解近期的氣象資訊，抓住晴朗乾燥天氣突擊收購。陰雨天氣空氣潮溼時不要收購入庫。種子不宜堆放過高。大豆種子儲藏，溫度在15℃以下、含水量在12%以下時，堆放高度散堆以不超過1.5米、袋裝以8個標準麻袋高為宜。若溫度或水分有一項高於以上標準，堆放高度就要相應降低。垛與牆之間，垛與垛之間，都要合理安排間距。
不宜與化肥或農藥同儲。儲存大豆種子要做到專倉專用，庫內不能同時堆放化肥或農藥等物品，以免揮發性氣體進入種胚，造成大豆種子活力的喪失。
