在農藥貯運、銷售和使用中往往會出現農藥廢棄物，這些廢棄物如果不加強控制與管理，勢必對人類的健康造成潛在的危害及環境汙染。所以，農藥廢棄物的安全處理，必須採取有效的方法。
首先，被國家制定技術部門確認的變質、失效及淘汰的農藥應予銷燬。高毒農藥一般先經化學處理，而後在具有防滲結構的溝槽中掩埋，要求遠離住宅區和水源，並且設立有毒標誌。低毒、中毒農藥應掩埋於遠離住宅區和水源的深坑中。凡是焚燒、銷燬的農藥應在專門的爐中進行處理。
其次，在非施用場所溢漏的農藥要及時處理。在進行農藥作業時，為避免農藥發生溢漏，作業人員應穿戴保護服（如手套、靴子和護眼器具等）。如果作業中發生溢漏，則汙染區要求由專人負責，以防兒童或動物靠近或接觸；對於固態農藥如粉劑和顆粒劑等，要用幹砂或土掩蓋並清掃於安全地方或施用區；對於液態農藥用鋸末、乾土或粒狀吸附物清理；如屬高毒且量大時應按照高毒農藥處理方式進行；要注意不允許清洗後的水倒入下水道、水溝或池塘等。
另外，農藥廢包裝物要求嚴禁作為它用，不能丟放，要妥善處理。完好無損的可由銷售部門或生產廠統一回收。高毒農藥的破損包裝物要按照高毒農藥的處理方式進行處理。具體講，金屬罐和桶，要清洗，爆壞，然後埋掉，在土坑中容器的頂層距地面50釐米；玻璃容器要打碎並埋起來；殺蟲劑的包裝紙板要焚燒；除草劑的包裝紙板要埋掉；塑料容器要清洗、穿透並焚燒。焚燒時不要站在火焰產生的煙霧中，讓小孩離開，此外，如果不能馬上處理的容器，則應把他們洗淨放在安全的地方。總之，要特別注意不要用盛過農藥的容器裝食物或飲料，因為由此產生的中毒例項很多。
最後應指出，對於大量廢棄農藥的處理方法、處理場所應徵得勞動、環保部門同意，並報上級主管部門備案。
