地塊不平整、排水不良、土壤板結的地塊、落差大的地塊。化肥使用過量導致的酸化、鹽鹼化土壤條易發病。土壤有機質含量塊少，土壤質黏重，砂質土、土層薄的地快容易引起番茄易發病。
開花後供給鈣素不足所致。土壤過幹、地溫過高、氮肥過多及酸性土壤均使根系對鈣的吸收受阻，都能引起此病的發生。水分供應失調也是誘發本病的原因。果實中鈣含量低於0.2%時，易發病。
果實膨大所需的水分被葉片蒸騰所消耗，使得果實失水，尤其是果實內、果臍部的水分被略奪時，由於果實突然大量失水，導致生長髮育受阻，形成臍腐。也有人認為，番茄不能從土壤中吸收充足的鈣和硼，致使果臍部細胞的生理代謝紊亂，失去控制水分的能力而產生臍腐；或者由於土壤中氮肥過多，營養生長過旺導致土壤缺鈣，果實不能及時補充所需的鈣而出現臍腐，特別是當土壤中鈣的濃度低於0.2%時，即會出現臍腐病。此外，土壤中鎂、鉀等元素過多、土壤黏重、常用酸性肥料等都會引發臍腐病。
因生長期間水分供應不足或不穩定引起的。即在花期至坐果期遇到乾旱，番茄葉片蒸騰消耗增大，果實，特別是果臍部所需的大量水分被葉片奪走，導致其生長髮育受阻，形成臍腐。
西紅柿臍腐病的發病條件是雨水過多引起的。地塊不平整、排水不良、土壤板結的地塊、落差大的地塊，化肥使用過量導致的酸化、鹽鹼化土壤條易發病。
當番茄缺水時，葉片蒸騰消耗所需的大量水分與果實進行爭奪，葉片奪走輸送到幼果中的水分，甚至還將幼果內的水分吸出。由於果實突然大量失水，導致生長髮育受阻，形成臍腐。
此病喜高溫、乾旱環境。浙江及長江中下游地區主要發病盛期為5～9月。番茄的感病生育期是座果後1個月。偏施氮肥、土壤有機質少、土壤乾燥、土壤含鹽量高的田塊發病重。年度間番茄開花結果期高幹旱天氣多的年份危害重。
田塊間土壤中氮肥偏多，營養生長過旺導致土壤缺鈣，果實不能及時得到鈣的補充，能引發病害。栽培上施用未腐熟的有機肥料或施肥過重過濃引起燒根或根系發育不良，使根系的正常吸水能力受影響，均易發病。
番茄臍腐病是由水分供應失調、缺鈣、缺硼等原因導致的生理性病害。一般在果穗座果之後，植株處於生育旺盛階段。遇乾旱，特別是大棚栽培的，為預防灰黴病或菌核病的發生，採取降溼栽培措施，當葉片蒸騰需消耗大量水分，導致果實，特別是臍部的水分被葉片奪走時，造成果實內部水分失調，果實的生長髮育受阻，形成臍腐。
西紅柿臍腐病主要是生理缺鈣引起的。土壤缺鈣或土壤不缺鈣但忽幹忽溼影響鈣的吸收均易發病。番茄臍腐病發病是由於番茄植株缺鈣引起的生理性病害。生理缺鈣，土壤含病原體，溼度大利於傳播。土壤溼度大，土壤汙染和缺鈣等原因。
