香菇栽培過程中主要病蟲害有綠黴，黃麴黴，鏈孢黴等等病害感染，蟲害主要有菇蚊，菇蠅，蟎類等等蟲害侵染。常見的病蟲害有菌絲培養階段的競爭性雜菌，如菌袋感染鏈孢酶、青黴、黃麴黴、木酶等；菌絲或鮮子實體受到白蟻、線蟲、蛞蝓，幹菇儲藏期的谷蛾、谷盜等侵害。
