此病由真菌子囊菌亞門甜瓜球腔侵染引起。病菌主要以分生孢子器或子囊殼隨病殘體在土壤中越冬，種子也可帶菌傳播。翌春條件適宜時，病菌從水孔、氣孔、傷口等處侵入，引起發病。病菌喜溫暖、高溼條件，適宜溫度20-25℃，相對溼度85%以上。保護地栽培通風不及時、種植密度過大、光照不足、空氣溼度過高時發病重。露地栽培主要在夏秋雨季發生，雨日多，或忽晴忽雨，天氣悶熱等氣候條件下易流行。平畦栽培、排水不良、缺肥以及瓜秧生長不良等情況會加重病情。浙江及長江中下游地區黃瓜蔓枯病發病盛期5-6月和9-10月。此病菌還危害西瓜、甜瓜、香瓜、絲瓜等多種瓜類。
病原物主要以分生孢子器、子囊殼隨病殘體在土中或附在種子、架杆、溫室、大棚棚架上越冬。次年春天，產生子囊孢子和分生孢子，通過雨水、灌溉水及氣流傳播，從氣孔、水孔、傷口侵入。種子帶菌導致子葉染病。
