剖檢肉雞可見十二指腸，小腸前段、中斷，盲腸有不同的病變。十二指腸、小腸有點狀出血，腸黏膜增厚或者脫落；盲腸變粗，內有血樣內容物，盲腸壁增厚。柔嫩艾美耳球蟲主要侵害盲腸明顯的淡白色斑點，粘膜上有許多小出血點。腸管中有凝固的血液或有葫蘿蔔色膠凍狀的內容物。
