危害萱草的主要病蟲害有：鏽病、葉枯病、炭疽病、金龜子、木橑尺蠖等。防治方法：
1.鏽病。發病前噴灑500倍代森鋅溶液；發病初期噴灑300倍敵鏽鈉溶液，從3月下旬開始，每隔10天噴1次，連續噴3-4次；秋後收集病殘體燒燬。
2.金龜子。危害萱草的金龜子主要有豆藍金龜子、白星金龜子，可以人工捕殺。成蟲發生盛期噴灑40%氧化樂果乳劑1000倍液，或用鮮車前草浸泡加水5倍噴殺，還可以利用趨向性誘殺白星金龜子。
3.葉枯病。發病初期噴灑65%代森鋅600倍液或70%託布津1000倍液。
4.炭疽病。及時剪除病葉並銷燬，秋末冬初要徹底清除病枯枝；注意合理施肥，勿偏施氮肥；注意通風透光，防止高溫高溼；發病前或初期噴灑70%託布津800-1000倍液防病。
5.木橑尺蠖。早春人工在土中挖越冬蛹；幼齡幼蟲期，於清晨或傍晚，噴灑50%殺螟鬆1000倍溶液。
