菜園消毒要徹底蔬菜換茬時，一定要把田間的枯枝殘葉清理乾淨，並認真做好田間消毒工作。可在蔬菜拔園後，每畝用硫黃粉1000克加鋸末混合，拌勻後分放在棚內各點，將所用農具、架杆等也一併放入棚內，闇火點燃後密閉大棚燻蒸12小時。也可每畝用45%的百菌清煙劑400～600克燻蒸消毒滅菌，燻蒸時需密閉大棚2天，定植前2天開啟通風口通風。棚內的土壤也要進行消毒，可用30%的苯噻氰1000倍液或95%的惡黴靈水劑450倍液噴灑地面。消毒後定植蔬菜，效果較好。
土壤應深翻不少菜農由於倉促換茬，沒有對菜地進行全面翻耕，而只是對蔬菜種植畦進行了耕翻，這是不正確的。最好人工深翻一遍，或使用旋耕機對棚地全面翻耕。
基肥必須充分腐熟發酵，若施用了這些沒充分腐熟的雞糞，很容易造成氨等有害氣體在棚內積聚，從而薰壞蔬菜。因此，蔬菜換茬後施基肥時，一定要注意察看雞糞是否已充分腐熟，外觀為黃褐色有臭味的為未充分腐熟的雞糞，一定要避免施用。
