防治方法：①選用抗病品種。品種間對本病的抗性有明顯差異。目前生產上常用的抗病品種有中單2號、中單14、中單12、遼單18、丹玉13、陝單9號、豫玉2號、豫玉11等。②實行輪作、深耕。連作多年易使土壤中菌量增多，發病重。實行3年以上輪作，基本上可消滅土壤中病源菌的危害。另外，深翻土壤，將病菌孢子壓倒播種層以下，以減少菌源，減輕發病。③早期拔出病株。在病穗白膜未破裂之前拔除病株，並把病株拿出地外深埋或燒燬，以免病菌落入土中。
玉米黑穗病防治方法:種植抗病品種；及時摘除病穗或拔除病株；與豆類作物輪作；適期播種，促使種子早發芽，出土快，減少發病；用15%粉鏽寧可溼性粉劑1千克拌種200千克，或50%敵克鬆可溼性粉劑1千克拌種125千克，或50%福美雙可溼性粉劑1千克拌種500千克，或12.5%的烯唑醇（速保利）可溼性粉劑1千克拌種330千克。
選用抗病品種清除田間病殘體輪作換茬。用福美雙或含殺菌成分種衣劑拌種。
