發病初期噴灑14%絡氨銅水劑300倍液，或50%琥膠肥酸銅（DT）可溼性粉劑500倍液，或20%龍克菌懸浮劑500倍液，或12%綠乳銅乳油500倍液，或56%靠山水分散微粒劑800倍液或澆灌50%多菌靈可溼性粉劑500倍液，或50%託布津可溼性粉劑500倍液，或15%惡黴靈水劑500倍液。隔5-7天/次，連續防治2-3次。
胡蘿蔔軟腐病的防治措施：（1）重病區或田塊宜實行與蔥蒜類蔬菜及水稻輪作。（2）難於實行輪作的地塊宜667平方米增施石灰100-150kg。深翻晒土或灌水浸田一定時間落幹後再整地。採用高畦種植。施用有機活性肥或酵素菌漚制的堆肥。及時防除地下害蟲。有條件的使用除草劑除草以儘量減少傷口。（3）加強檢查，雨後及時排水，發現病株隨時挖毀，並撤石灰或淋灌病穴。（4）收穫時輕挖輕放，儘量減少傷口，採收後晒半天，入窖後嚴格控制窖溫在10℃以下、相對溼度低於80%，可減少發病。
用藥劑開始噴灑90%新植黴素可溼性粉劑3000倍液；土黴素4000倍液；72.2%農用鏈黴素可溼性粉劑4000倍液；3%中生菌素可溼性粉劑1000倍液。
