棉花苗期主要病害有立枯病、炭疽病、紅腐病、猝倒病、黑斑病、莖枯病等，應採取綜合措施防治。
改良土壤通過增施有機肥、推廣秸稈還田、精耕細作等措施培肥地力，改良土壤，能有效控制苗期病害。實踐表明，棉花秸稈還田能提高棉田有機質和鉀元素含量，抑制和減輕苗期病害發生。
選用良種選用抗病品種，同時用25克／升咯菌腈懸浮種衣劑包衣，能預防苗期病害。
適期晚播地溫穩定在14℃以上時播種，今年氣候反常，氣溫偏低，應比常年推遲5—10天播種。適期晚播能降低苗期病害發生，還能預防早衰和爛鈴。
合理化除播前每畝用48％氟樂靈乳油60—72毫升(地膜覆蓋棉田每畝用50毫升)，施藥後混土。連年使用氟樂靈的棉田應更換其他除草劑，防止藥害發生，加重苗期病害。使用90%乙草胺乳油，每畝用量控制在50—60毫升，在播後苗前施用，地膜覆蓋棉田不宜施用。播前或播後苗前每畝用33％二甲戊靈乳油66—100毫升，該藥對闊葉草防效差，闊葉草多的田宜將其與其他藥混用。72%異丙甲草胺乳油每畝用量為100毫升，播後苗前施用，土壤乾旱時需淺混土。
加強田管出苗前後加強以中耕鬆土為重點的田間管理，增溫保墒，減輕苗病危害，雨後注意劃鋤。地膜覆蓋棉及時放苗壓土堵漏洞，防止大風掀膜。病害嚴重地塊早間苗(1葉l心期)晚定苗(3葉期後)，確保苗全、苗壯。
藥劑防治棉花苗期病害有2個發生高峰期，即棉苗l葉期和3葉期，應及時預防，通常每畝用85％三氯異氰尿酸可溼性粉劑35克加水噴霧。病害發生初期可用50%多菌靈可溼性粉劑、70%代森錳鋅水分散粒劑、70%甲基硫菌靈可溼性粉劑500—800倍液噴霧。早期發生枯萎病可用新克黃枯等黃腐酸鹽類葉面肥噴霧，增強植株抗病能力。用10億個活芽孢／克枯草芽孢桿菌可溼性粉劑500倍液灌根，對苗期病害有較好的防效。
