病菌以分生孢子或菌核隨病株殘餘組織遺留在田間越冬或越夏。在適宜條件下，菌核萌發產生菌絲體，繼而形成分生孢子，通過氣流、雨水或農事操作傳播。病原以菌核在土壤中，或以菌絲、分生孢子在病殘體上越冬。以分生孢子隨氣流及雨水傳播蔓延，田間農事操作也能傳播病菌。低溫、高溼、弱光有利於發病。大棚內溼度持續較大，是發病的主導因素，尤其在春季連陰雨天氣，氣溫偏低，放風不及時，能引起辣椒灰黴病發生和蔓延。
