在揚花初期，每氰烯菌酯懸浮劑進行噴霧防治。
1）選用抗（耐）病品種,截止2013年未找到免疫或高抗品種，但有一些農藝性狀良好的耐病品種，各地可因地制宜地選用。（2）農業防治合理排灌，溼地要開溝排水。收穫後要深耕滅茬，減少菌源。適時播種，避開揚花期遇雨。提倡施用酵素菌漚制的堆肥，採用配方施肥技術，合理施肥，忌偏施氮肥，提高植株抗病力。播種前進行石灰水浸種，方法參見小麥散黑穗病。二、藥劑防治①用增產菌拌種。②防治重點是在小麥揚花期預防穗腐發生。在始花期噴灑，要在小麥齊穗揚花初期（揚花株率5～1人用藥。藥劑防治應選擇滲透性、耐雨水沖刷性和持效性較好的農藥氰烯菌酯懸浮劑，或戊唑·咪鮮胺，或烯肟·多菌靈可溼性粉劑。
