黑痣病是甘薯生產中常見的病害，雖不影響薯塊食用，但影響其貯存，且商品價值大打折扣，甚至無法出售。綜合防治措施如下：
1.選用無病種薯，培育無病壯苗，建立無病留種田。
2.栽培措施春薯可適當晚栽，能減輕黑痣病發生；注意排澇，減少土壤溼度；有條件的地方，可實行與禾科作物三年以上的輪作。
3.化學防治措施
①苗床育秧期：不用病薯塊作種薯，對無病薯塊也要進行藥劑處理。方法是用50%純品多菌靈可溼性粉劑1000倍或純品甲基託布津1000倍浸泡10分鐘進行消毒。浸泡後的藥液要潑在苗床上，注意不要用複方多菌靈或複方甲託，以免有效成份不夠，影響防治效果。剪下的薯苗用上述藥液浸泡根部（約10釐米）10分鐘。連根拔下的薯苗要將根部剪掉後再浸泡。苗床上若發現病薯要立即深埋或燒燬處理。
②大田栽植期：大田栽秧時，畝用50%純品多菌靈1～3千克兌細土，澆水栽秧後，施藥土，最後覆土，可殺滅土壤中的黑痣病菌。
③收穫期：首先要做到適時收穫，一般在寒露至霜降之間，具體時間以當地日平均氣溫在15℃左右為宜。若收穫過晚，薯塊容易遭受霜凍，利於黑痣病菌侵入。收穫後要用晒場上晒2～3天，使薯塊傷口乾燥，可抑制薯塊病菌侵入。也可先在屋內乾燥處晾放10～15天（堆0.3～0.7米即可），渡過薯塊旺盛呼吸階段，迫使薯塊進入休眠狀態，然後再入窖。
④貯藏期：甘薯貯藏期窯溫要控制在12～15℃之間，如果溫度低於9℃，甘薯易受凍害，誘發黑痣病或其它病害。若溫度高於17℃，甘薯極易在發芽生根，且利於黑痣病的發生。觀察窯溫的方法是：用細繩將溫度計從井眼控氣孔伸入井底，10分鐘後拉出觀察，當溫度低於9℃時，減少通風孔口，高於17℃時，擴大通風量，每隔15天觀察1次。
