灰黴病主要危害辣椒幼苗及成株期，在防治中，應調控好溫度和溼度，保持好通風。發病後及時將病枝、病果摘除，並噴施咪鮮胺乳油或異菌脲可溼性粉劑，隔7至10天一次，連續防治2至3次。
藥劑防治。保護地內植株發病，可用15%腐黴利煙劑250-300克/畝薰煙，隔5-7天薰一次，連續或交替薰2-3次。還可用綠亨70%嘧黴胺水分散粒劑1000-1500倍液、綠亨30%嘧黴·福美雙懸浮劑700-800倍液或丁子·香芹酚水劑600倍液，配合綠亨6號（50%氯溴異氰尿酸可溶性粉劑）750-1500倍液或綠亨銅師傅（86.2%氧化亞銅）1500倍噴霧可加強對灰黴病的防治效果，並同時防治各種併發症，對細菌性病害也有特效，隔7-10天噴一次，視病情連續噴2-3次。
護地栽培時，應採用高畦栽培，並覆蓋地膜，以提高地溫，降低溼度。作好棚室溫、溼度調控工作，上午保持較高溫度，使棚室薄膜內側露水霧化，下午延長放風時間，加大放風量，夜間要適當提高溫度，減輕或避免葉面結露。發病初期適當控水。
主要是加強日常水肥管理，及時清除患病辣椒。
辣椒灰黴病是由低溫高溼引起的一種真菌性病害，首先清除病葉病果，夜晚用腐黴利薰藥薰棚，白天用凱澤或者健達噴藥防治。
要加強通風管理。發病初期適當節制澆水。發病後及時摘除病果。種植密度不宜過大。發病後噴灑多菌靈等藥劑。
防治灰黴病主要是控制好溫溼度，通風透光。
加強肥水管理，及時清除病株，藥劑防治。
可用咪鮮胺或異菌脲可溼性粉劑進行防治。
