秋季，石榴樹往往會萌發許多二、三次新梢，從而使樹冠枝條密集，造成通風透光不良，引起果實增大慢、著色不良，也影響內膛葉叢枝和短枝形成花芽。因此，加強秋季修剪顯得尤為重要。
1、疏枝。剪除密生的、徒長的、有病蟲的萌枝、萌櫱，修剪口及時塗抹愈傷防腐膜保護傷口組織癒合，防止病菌侵入，要求疏枝後樹冠下的光斑均勻分佈於地面上，以佔全樹冠投影面積的10％～15％為適合。保證果實直接見光，使內膛葉叢枝及短枝見光充足，形成花芽快。對剪下的病蟲果枝採取深埋或焚燒。
2、剪根。根據石榴樹結果情況，逐年進行根系修剪。可在採果後及落葉前，結合秋擴穴翻施有機肥，在樹冠外圍挖環狀或平行溝，切斷部分小於1釐米直徑的根，及時用護樹將軍灌根，減少病菌源，有利於根系再生和擴大，同時在全園噴施護樹將軍殺菌消毒，減少病菌源。
