木耳的生長期比較短基本沒有蟲害。常見的黑木耳害蟲有魚兒蟲、殼子蟲、米象、蛞蝓、小馬陸、彈尾蟲、蓑衣蟲；危害黑木耳的常見雜菌有碳困、革耳、雲芝、木黴、青黴、裂褶菌、硃紅菌等。木耳在種植期間，最常見的是多菌蚊，一種以木耳為食的小蟲子和黑腹果蠅等。
