微生物農藥可與化學殺蟲劑、除草劑混合使用，但不能和化學殺菌劑混用。原因是：殺菌劑的功能主要是用以殺死細菌、真菌、病毒等微生物，或對上述微生物的生長髮育有抑制作用，若將一些化學殺菌劑和青蟲菌、白僵菌等微生物農藥混合使用，這些微生物農藥就會被化學殺菌劑所毒化，而失去原有的藥效。所以，它們之間不能混合使用，甚至這兩類農藥的連續使用也要間隔15-20天，如果先使用化學殺菌劑，要等藥效完全消失後，方能再使用微生物農藥；反之，也應這樣要求。只有這樣，才能保證這兩種藥劑都能達到有效地防治目的。
